TPS12 | ICGRC

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This record has the following annotations.
Term	Name	Definition
GO:0000287	magnesium ion binding	Interacting selectively and non-covalently with magnesium (Mg) ions. [GOC:ai]
GO:0016829	lyase activity
GO:0010333	terpene synthase activity	Catalysis of the formation of cyclic terpenes through the cyclization of linear terpenes (e.g. isopentenyl-PP, geranyl-PP, farnesyl-PP and geranylgeranyl-PP) containing varying numbers of isoprene units. [EC:4.2.3.-, GOC:tair_curators]
INTERPRO:IPR008930	Terpenoid_cyclase/PrenylTrfase
INTERPRO:IPR036965	Terpene_synth_N_sf
INTERPRO:IPR008949	Isoprenoid_synthase_dom_sf
INTERPRO:IPR005630	Terpene_synthase_metal-bd
INTERPRO:IPR001906	Terpene_synth_N

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blastn of TPS CDS against pkv5 genome

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 genome
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BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: CM010790.2
Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 797.026 bits (431), Expect = 0.000e+0
Identity = 431/431 (100.00%), Postives = 431/431 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      501 AGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGATGGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGT 931
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Sbjct:  3142598 AGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGATGGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGT 3143028

HSP 2 Score: 544.035 bits (294), Expect = 2.725e-152
Identity = 294/294 (100.00%), Postives = 294/294 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1540 GATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAATGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACAATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCCTTCT 1833
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Sbjct:  3145585 GATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAATGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACAATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCCTTCT 3145878

HSP 3 Score: 501.562 bits (271), Expect = 1.663e-139
Identity = 274/275 (99.64%), Postives = 274/275 (99.64%), Query Frame = 1

Query:      229 TATA-AGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAG 502
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Sbjct:  3141857 TATACAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAG 3142131

HSP 4 Score: 470.169 bits (254), Expect = 4.690e-130
Identity = 254/254 (100.00%), Postives = 254/254 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1287 GTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAATTAGGTTATCCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATG 1540
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Sbjct:  3144966 GTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAATTAGGTTATCCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATG 3145219

HSP 5 Score: 435.083 bits (235), Expect = 1.711e-119
Identity = 235/235 (100.00%), Postives = 235/235 (100.00%), Query Frame = 1

Query:        1 TTGGGAGTTCATCAATTTTCTCCACTTTCATTAATCCTTAATACTACAAAATTAGCAAGAGCAAGTACATTATCAAGTGCTTGCTACCCCATCCAATGTACTATGGTCAATAGTACAAATATTACTAATAATACTACTATATTTGATAATCATATTCATAGAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGG 235
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Sbjct:  3140931 TTGGGAGTTCATCAATTTTCTCCACTTTCATTAATCCTTAATACTACAAAATTAGCAAGAGCAAGTACATTATCAAGTGCTTGCTACCCCATCCAATGTACTATGGTCAATAGTACAAATATTACTAATAATACTACTATATTTGATAATCATATTCATAGAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGG 3141165

HSP 6 Score: 411.077 bits (222), Expect = 2.883e-112
Identity = 222/222 (100.00%), Postives = 222/222 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      927 AAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 1148
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Sbjct:  3143569 AAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 3143790

HSP 7 Score: 261.498 bits (141), Expect = 3.073e-67
Identity = 141/141 (100.00%), Postives = 141/141 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1147 AGATGGGATGTGAAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAAAATTTCCTCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACG 1287
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Sbjct:  3144387 AGATGGGATGTGAAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAAAATTTCCTCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACG 3144527

HSP 8 Score: 183.939 bits (99), Expect = 6.842e-44
Identity = 181/222 (81.53%), Postives = 181/222 (81.53%), Query Frame = 1

Query:      927 AAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 1148
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Sbjct:  2519567 AAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 2519788

HSP 9 Score: 176.552 bits (95), Expect = 1.145e-41
Identity = 179/221 (81.00%), Postives = 179/221 (81.00%), Query Frame = 1

Query:      928 AGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 1148
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Sbjct:  2529112 AGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 2529332

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BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: AGQN03003403.1
Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush 003407F, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 183.939 bits (99), Expect = 6.842e-44
Identity = 181/222 (81.53%), Postives = 181/222 (81.53%), Query Frame = 1

Query:      927 AAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 1148
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Sbjct:    18504 AAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 18725

HSP 2 Score: 176.552 bits (95), Expect = 1.145e-41
Identity = 179/221 (81.00%), Postives = 179/221 (81.00%), Query Frame = 1

Query:      928 AGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 1148
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Sbjct:    27971 AGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 28191


Match Name	Summary
CM010790.2	E-Value: 2.725e-152, PID: 100.00 Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence [more]
AGQN03003403.1	E-Value: 6.842e-44, PID: 81.53 Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush 003407F, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA
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Match Name	Summary
There are no matches against Genbank for this mRNA.

blastn of TPS CDS against cs10 genome

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 genome
Display provided by the neXtProt Feature Viewer

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BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: NC_044374.1
Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 797.026 bits (431), Expect = 0.000e+0
Identity = 431/431 (100.00%), Postives = 431/431 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      501 AGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGATGGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGT 931
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Sbjct:  2397968 AGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGATGGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGT 2397538

HSP 2 Score: 544.035 bits (294), Expect = 2.677e-152
Identity = 294/294 (100.00%), Postives = 294/294 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1540 GATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAATGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACAATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCCTTCT 1833
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Sbjct:  2394976 GATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAATGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACAATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCCTTCT 2394683

HSP 3 Score: 501.562 bits (271), Expect = 1.634e-139
Identity = 274/275 (99.64%), Postives = 274/275 (99.64%), Query Frame = 1

Query:      229 TATA-AGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAG 502
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Sbjct:  2398709 TATACAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAG 2398435

HSP 4 Score: 470.169 bits (254), Expect = 4.608e-130
Identity = 254/254 (100.00%), Postives = 254/254 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1287 GTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAATTAGGTTATCCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATG 1540
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Sbjct:  2395595 GTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAATTAGGTTATCCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATG 2395342

HSP 5 Score: 435.083 bits (235), Expect = 1.681e-119
Identity = 235/235 (100.00%), Postives = 235/235 (100.00%), Query Frame = 1

Query:        1 TTGGGAGTTCATCAATTTTCTCCACTTTCATTAATCCTTAATACTACAAAATTAGCAAGAGCAAGTACATTATCAAGTGCTTGCTACCCCATCCAATGTACTATGGTCAATAGTACAAATATTACTAATAATACTACTATATTTGATAATCATATTCATAGAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGG 235
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Sbjct:  2399639 TTGGGAGTTCATCAATTTTCTCCACTTTCATTAATCCTTAATACTACAAAATTAGCAAGAGCAAGTACATTATCAAGTGCTTGCTACCCCATCCAATGTACTATGGTCAATAGTACAAATATTACTAATAATACTACTATATTTGATAATCATATTCATAGAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGG 2399405

HSP 6 Score: 411.077 bits (222), Expect = 2.833e-112
Identity = 222/222 (100.00%), Postives = 222/222 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      927 AAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 1148
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Sbjct:  2396997 AAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 2396776

HSP 7 Score: 261.498 bits (141), Expect = 3.019e-67
Identity = 141/141 (100.00%), Postives = 141/141 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1147 AGATGGGATGTGAAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAAAATTTCCTCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACG 1287
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Sbjct:  2396178 AGATGGGATGTGAAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAAAATTTCCTCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACG 2396038

HSP 8 Score: 176.552 bits (95), Expect = 1.125e-41
Identity = 179/221 (81.00%), Postives = 179/221 (81.00%), Query Frame = 1

Query:      928 AGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 1148
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Sbjct:  2035141 AGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 2035361

HSP 9 Score: 172.859 bits (93), Expect = 1.455e-40
Identity = 179/222 (80.63%), Postives = 179/222 (80.63%), Query Frame = 1

Query:      927 AAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 1148
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Sbjct:  2020755 AAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAATTTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAATTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAATAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 2020976

[Close]

BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: NW_022060378.1
Description: Cannabis sativa unplaced genomic scaffold, cs10 ctgX15, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 167.319 bits (90), Expect = 6.770e-39
Identity = 178/222 (80.18%), Postives = 178/222 (80.18%), Query Frame = 1

Query:      927 AAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 1148
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Sbjct:   196606 AAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 196385


Match Name	Summary
NC_044374.1	E-Value: 2.677e-152, PID: 100.00 Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence [more]
NW_022060378.1	E-Value: 6.770e-39, PID: 80.18 Description: Cannabis sativa unplaced genomic scaffold, cs10 ctgX15, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 mRNA
Display provided by the neXtProt Feature Viewer

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BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: XM_030644559.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115715884), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 3386.03 bits (1833), Expect = 0.000e+0
Identity = 1833/1833 (100.00%), Postives = 1833/1833 (100.00%), Query Frame = 1

Query:        1 TTGGGAGTTCATCAATTTTCTCCACTTTCATTAATCCTTAATACTACAAAATTAGCAAGAGCAAGTACATTATCAAGTGCTTGCTACCCCATCCAATGTACTATGGTCAATAGTACAAATATTACTAATAATACTACTATATTTGATAATCATATTCATAGAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGATGGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAGATGGGATGTGAAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAAAATTTCCTCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACGTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAATTAGGTTATCCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATGATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAATGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACAATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCCTTCT 1833
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Sbjct:       42 TTGGGAGTTCATCAATTTTCTCCACTTTCATTAATCCTTAATACTACAAAATTAGCAAGAGCAAGTACATTATCAAGTGCTTGCTACCCCATCCAATGTACTATGGTCAATAGTACAAATATTACTAATAATACTACTATATTTGATAATCATATTCATAGAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGATGGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAGATGGGATGTGAAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAAAATTTCCTCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACGTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAATTAGGTTATCCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATGATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAATGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACAATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCCTTCT 1874

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BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: XM_030644560.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115715884), transcript variant X2, mRNA

HSP 1 Score: 1718.5 bits (930), Expect = 0.000e+0
Identity = 932/933 (99.89%), Postives = 932/933 (99.89%), Query Frame = 1

Query:        1 TTGGGAGTTCATCAATTTTCTCCACTTTCATTAATCCTTAATACTACAAAATTAGCAAGAGCAAGTACATTATCAAGTGCTTGCTACCCCATCCAATGTACTATGGTCAATAGTACAAATATTACTAATAATACTACTATATTTGATAATCATATTCATAGAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGATGGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGTGG 933
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Sbjct:       42 TTGGGAGTTCATCAATTTTCTCCACTTTCATTAATCCTTAATACTACAAAATTAGCAAGAGCAAGTACATTATCAAGTGCTTGCTACCCCATCCAATGTACTATGGTCAATAGTACAAATATTACTAATAATACTACTATATTTGATAATCATATTCATAGAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGATGGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGATGG 974

HSP 2 Score: 1269.77 bits (687), Expect = 0.000e+0
Identity = 687/687 (100.00%), Postives = 687/687 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1147 AGATGGGATGTGAAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAAAATTTCCTCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACGTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAATTAGGTTATCCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATGATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAATGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACAATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCCTTCT 1833
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Sbjct:      969 AGATGGGATGTGAAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAAAATTTCCTCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACGTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAATTAGGTTATCCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATGATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAATGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACAATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCCTTCT 1655

[Close]

BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: XM_030645439.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716605), mRNA

HSP 1 Score: 843.193 bits (456), Expect = 0.000e+0
Identity = 1195/1547 (77.25%), Postives = 1195/1547 (77.25%), Query Frame = 1

Query:      153 TATTCATAGAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGA-ACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACG--AT-GGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAGATGGGATGTGAAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTT-TCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAA-AA-TTTCC-TCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACGTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTG-T--TACAA--A-AGATGCCATA-A-ATTT---A---CT-GGAATTAGG---TTATCCACCCATAATTTACCATGCA-T-CCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAAT-GATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAATGA 1670
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Sbjct:      239 TATTGATCGACGATCTGCCAACTTTGAGCCCTCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAATCTCTT--A-CAAGTCAATATAAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTGAAAAAACTTGAGAGAGATGTGAAA-A-AGA-TGTTAGTTGAGATGGAA---AACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGATACATTGCAAAGACTTGGAATATCTTACCGTTTTGAGAATGAAATAAATTCTATTTTGAACAAAAAATA-T--GTTAATATTA---ATAATCCTAATTATAATTTATATGCCATTGCTCTTCAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAGAGATTTTTAATCAGTTGAAGGACGAGAT-AGAA--AACATCAA-AAAACACATAAATGGTAATGATATCATGGGAGTATTAGCCTTATACGAAGCTTCTTTTTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAAAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTAAATGTCTC-AAAA--AC-TA-C-ACTATAATGATATCAGAGC-AAA-AAA--A--GTTA--A-TGATTGATAATGATTATGATTATGATAT-CGA--AGTAGTGAATCATGCCTTAGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACCACAAGAACAGAAGCAAAGTGGTTCATTGACGCATATGCGAAAAAACAAGACATGAATCCTATGTTGCTTGAGTTAGCCAAACTCGATTTCAACATAGTACAATCAACACATCATGAAGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAGATGGGATGTGAAAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATCTTG-TTTTACACAATACCATAAATGATATGGTATTTGAGGTGTTAAGAGACCAAGAAATTTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGGTCGATATGTGTAAAAGTTTCTTGCAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTAGGAGCACCAGTTATTCTTGTGCATGCTTATTTTTTTCACGCAAATAATAATCGTACAATTACAAATACTAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAATATGGTTATTATCCTGCCATTATTCGTCA--CAGTGCCATAATATTACGATTTACAAATGACCTAGCAACATC-ATCGGAGGAATTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATGTATCTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATGTTAAGTTTTTAATAAATGAAGCATGGAAGGAGATGAATAATGA 1744

[Close]

BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: XM_030629489.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X2, mRNA

HSP 1 Score: 791.486 bits (428), Expect = 0.000e+0
Identity = 1282/1693 (75.72%), Postives = 1282/1693 (75.72%), Query Frame = 1

Query:      161 GAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTA-CTC--CGGTAA---TATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAGAAATTTTCAATGTGTTT-AAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGAT-GGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGAT-T-TATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAGATGGGATGTG-AAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAA-AATTT-CC-TCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACGTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAATTAGGTTAT---CCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATGATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGG-TGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAA---TGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACA-ATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGG--ACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCC 1829
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Sbjct:      121 GAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCGTTCAGTCTCTT---TCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAA-AG-GA-TGCTAGTTGAGATGGAA---AACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGAGACTTTTAAT-TATTTCAAGGACGAG---ACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGT-G-G-TGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAAAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTAC--A-CAATAATGA-TATCAGAGCAAAATAAA--TTGATGATTAAT-AATAATTATGATTATTATTACAATAT-TGA--AGTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAG-AAAAAA-CAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATG-ATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTCCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATA-AAGAGATTTT-TGAATGTT-TGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTTCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTGAGGAACT-AAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAAATATATGTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGAT--GGA-T-TAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACA-G-TTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCC 1774

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BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: XM_030629488.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 784.1 bits (424), Expect = 0.000e+0
Identity = 1283/1696 (75.65%), Postives = 1283/1696 (75.65%), Query Frame = 1

Query:      161 GAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTA-CTC--CGGTAA---TATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAG-A-A-ATTTTCAATGTGTTT-AAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGAT-GGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGAT-T-TATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAGATGGGATGTG-AAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAA-AATTT-CC-TCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACGTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAATTAGGTTAT---CCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATGATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGG-TGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAA---TGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACA-ATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGG--ACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCC 1829
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BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: XM_030645438.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716604), mRNA

HSP 1 Score: 732.394 bits (396), Expect = 0.000e+0
Identity = 1176/1550 (75.87%), Postives = 1176/1550 (75.87%), Query Frame = 1

Query:      153 TATTCATAGAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATT---ATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAAC--GAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAA-TCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGATGGAGC--GAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAGATGGGATGTG-AAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAA-A-ATTTCC-TCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACGTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTT-ACAAAAGATGCCA-TA--AA-----TTTAC---TG----GAATTAGGTTAT--CCAC-CCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAAT-GATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAATGA 1670
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Sbjct:      207 TATTGATCGACGATCTGCCAACTTTGAGCCCTCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAATCTCTT--A-CAAGCCAATATAAGGAAGAATCTTATACAGGTCGAGTCAAAGAATTGGAGATAGATGTGAAA-A-AGA-TGTTAATTGAGATGGAA---AATTCTTTAATTCAACTTGAACTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGGATGAAATAAATACTATTTTGAAAGAAAAATA-T--ATTAATATGATCAATAACCCTAATTATAATAATTTATATGTCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAGAGATTTTTAATCATTTTAAGGACGAGAT---AGGAAAAATCAA--AACGAACATGATTAGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTC-AATATCT---AAAGAAC-TA-C-ATTATAATGATATCACAAGAAAGAAA-GTTAATGATTGAT-AATGATAATGATTATGATTATGATAT-CGA--AATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAATTTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAATTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAATAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATATGGAAATG-ATAAATGAGTTACCAGAATATATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACCATTAATGAAATGGTATTTGAGGTATTAAGAGACCAACACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGAGGTTTTTTACAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATATACACCAACACTAGAAGAATATATTAAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCGGTTCTAATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATGCAAATTATAATCACACA-GTTACAAGTAGTAAAGAGATTTTCGAATGCTTTGAACATGGTTATTATCCCGCCATAATTCGTCATAGTGCCATAATATTACGACTTACAAATGACCTAGCAACATC-ATCGGAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTATATGCAAGAAAAAAAAGTATCTGAGGAGAAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAATATGGAAAGAGATGAATAATGA 1724

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BLAST of TPS12 vs. Genbank
Match Name: XM_030629490.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X3, mRNA

HSP 1 Score: 645.601 bits (349), Expect = 0.000e+0
Identity = 847/1085 (78.06%), Postives = 847/1085 (78.06%), Query Frame = 1

Query:      161 GAAGATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTA-CTC--CGGTAA---TATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAG-A-A-ATTTTCAATGTGTTT-AAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGAT-GGAGCGAAACAAACCATCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGAT-T-TATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAGATGGGATGTG-AAAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGG 1231
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Match Name	Summary
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XM_030644560.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 99.89 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115715884), transcript variant X2, mRNA [more]
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Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

Performed on: 2021-09-02
Display provided by the neXtProt Feature Viewer


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IPR008949	Isoprenoid synthase domain superfamily	SUPERFAMILY	48576	Terpenoid synthases	coord: 282..607
IPR036965	Terpene synthase, N-terminal domain superfamily	GENE3D	1.50.10.130		coord: 102..281 e-value: 2.3E-183 score: 612.2
IPR008930	Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid	SUPERFAMILY	48239	Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases	coord: 61..281

TPS12

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, PK-clones109 (TMM50 minvalue)

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

blastn of TPS CDS against cs10 genome

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

blastn of TPS CDS against pkv5 genome

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Sequences

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Sequence Length

1833

Sequence Checksum

fd205f59de41350bea416d0ffe6f7eee

Summary

Resource Type	mRNA
Organism	Cannabis sativa L.
Name	TPS12
Identifier	TPS12
Time Accessioned	Thursday, November 21, 2024 - 08:30
Time Last Modified	Thursday, November 21, 2024 - 08:30